Al suscitarse las luchas sociales y emancipadoras que marcaron las primeras décadas del siglo XIX, la participación de la diócesis en la consumación de la independencia y en el nacimiento del Estado libre y soberano de Jalisco, quedó simbolizada en dos nuevos títulos que tanto el ejército insurgente como las autoridades eclesiásticas y el pueblo de Dios, ofrecieron a Ntra. Sra. de Zapopan por manos del obispo Juan Cruz Ruiz de Cabañas. En efecto, en 1821 la declararon “Generala del ejército insurgente de la Nueva Galicia”, y en 1823, “Patrona universal del nuevo Estado de Jalisco”, revistiendo a la venerada imagen con las correspondientes insignias. Por lo mismo, la entrada de la virgen a la ciudad episcopal, y su salida, será saludada con salvas militares, en tanto un regimiento la acompaña en sus diversas visitas. Ya para esos años, el santuario de Zapopan había pasado al cuidado de la orden franciscana, para que con sus abundantes limosnas, se sostuviera un Colegio de Propaganda Fide, cuya misión era evangelizar a los grupos indígenas del norte del todavía virreinato español, era el año de 1819.
Al inicio de la vida independiente, el Santuario de Zapopan era sin lugar a dudas el más notable y concurrido del obispado de Guadalajara. La imagen de la virgen se presentaba a la veneración de los fieles, engalanada con ricas vestiduras y abundantes joyas; con igual esplendor lucía el interior de su iglesia, en cuyo presbiterio pendían catorce lámparas de plata maciza. También de plata era el nicho en que se guardaba la imagen y toda la candelería y servicio del altar. La guerra de tres años, o de reforma, generó todo tipo de saqueos en el antiguo santuario, pues aún las campanas fueron bajadas para fabricar balas de cañón. La imagen de la virgen fue ocultada, salvándose apenas algunas de sus antiguas alhajas.
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