Diez años después de iniciada la evangelización del occidente mexicano, los grupos indígenas del sur de Zacatecas y norte del actual Jalisco, se sublevaron en una gran rebelión que no se detenía ante ninguna consideración, pues se trataba esencialmente de una guerra de reacción en contra de todo lo español. Era el inicio, de la guerra chichimeca, que arrasó buena parte de los establecimientos tanto misionales como civiles, produciendo numerosos mártires tanto entre los misioneros, como entre los indígenas ya bautizados. Siendo de tan colosales dimensiones la sublevación, debió venir el virrey Antonio de Mendoza, acompañado de numerosa tropa tanto española como indígena. Inevitablemente, la solución que se anunciaba era catastrófica, pues no solamente se perderían muchas vidas, sino que los grupos indígenas, inevitablemente vencidos, serían sometidos a esclavitud, como era costumbre en las guerras de conquista. Es entonces que los misioneros intervienen, de manera directa y efectiva, el padre Antonio de Segovia, que llevando la imagen de la virgen sobre su pecho, parlamentó lo mismo con los caciques sublevados que con el virrey, acordando condiciones de paz y de justicia, que evitaron un mayor derramamiento de sangre. Esta presencia de la virgen en la montaña del Mixtón será de particular importancia en el momento mismo de la guerra, como en los sucesos posteriores a la misma. El propio misionero Antonio de Segovia, dará a la virgen un segundo título, llamándole: “La Pacificadora”
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